Les SVM bi-classes, introduites en bioinformatique à la fin des années 90, font aujourd'hui référence pour de nombreux problèmes de traitement de séquences biologiques. Les SVM multi-classes, de conception plus récente, sont progressivement appliquées à ces problèmes, singulièrement en biologie structurale prédictive. Dans cet article, nous proposons une étude comparée des performances de trois SVM multi-classes en prédiction de la structure secondaire des protéines. Les modèles impliqués sont celui de Weston et Watkins, celui de Lee et co-auteurs ainsi qu'une nouvelle machine nommée M-SVM2. Cette étude se conçoit comme une étape dans la mise au point d'une méthode de prédiction hybride, intégrant systèmes discriminants et génératifs et s'appuyant sur une approche hiérarchique du problème.