La scientométrie et la bibliométrie sont confrontées à la fois à un fort développement de la demande d'indicateurs (en évaluation de la recherche, en économie des sciences et de l'innovation) et à l'apparition de nouvelles formes d'offre (sources et statistiques sur les publications scientifiques ; développements Internet et outils en ligne). Cette situation ouvre des perspectives contrastées, d'un côté les "hit-parades" spectaculaires et une certaine frénésie du chiffre, de l'autre des systèmes d'évaluation élaborés et prudents, ancrés dans une meilleure compréhension de la diversité et de la dynamique des systèmes scientifiques. Cet article esquisse quelques-uns des défis rencontrés par les indicateurs scientométriques : déminage des données, mesure des flux de connaissance, questions de diversité. La réponse à ces défis conditionne la mise au point d'indicateurs fiables. Elle ne prémunit pas, toutefois, contre les dérives dans leur utilisation.