L'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) permet d'étudier les interactions entre les protéines et l'ADN ainsi que différents états chromatiniens. Le ChIP-chip est une technique combinant l'immunoprécipitation de la chromatine avec le principe des puces à ADN, ce qui permet une étude à l'échelle du génome. Nous nous intéressons ici à l'analyse des différences entre deux échantillons d'ADN immunoprécipité. Biologiquement, on s'attend à distinguer quatre groupes différents : un groupe d'ADN non-immunoprécipité, un groupe d'ADN immunoprécipité identiquement dans les deux échantillons et deux groupes dans lesquels l'ADN est immunoprécipité en quantités différentes. Nous modélisons ces données par un mélange de gaussiennes bidimensionnelles à quatre composants. Les matrices de variance sont contraintes afin d'intégrer des connaissances biologiques. Les paramètres sont estimés par l'algorithme EM. Nous appliquons cette méthode pour étudier la différence de méthylation d'une histone entre l'écotype sauvage de la plante modèle \textit{Arabidopsis thaliana} et un mutant.