Nous présentons une application innovante de la modélisation des connaissances au domaine des bibliothèques numériques spécialisées. Nous utilisons la spécification experte de la TEI (Text Encoding Initiative) pour modéliser la connaissance apportée par les chercheurs qui travaillent sur des archives manuscrites. Nous montrons les limites de la TEI dans le cas d'une approche diachronique du document, cette dernière impliquant la construction simultanée de structures de données concurrentes. Nous décrivons un modèle qui présente le problème et permet d'envisager des solutions. Enfin, nous justifions les structures arborescentes sur lesquelles se base ce modèle.