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MODULAD
Sélection de variables pour la classification par mélanges gaussiens pour prédire la fonction des gènes orphelins
In MODULAD 2009, vol. Modulad 40, pp.69-80
Résumé
Les biologistes s'attachent actuellement à prédire la fonction des gènes d'organismes de génome séquencé à partir de données transcriptomes, issues de l'utilisation des puces à ADN. Le développement de cette technologie permet de tester l'expression de l'ensemble du génome dans de nombreuses conditions expérimentales. Cette quantité d'information peut alors sembler être un atout pour la classification des gènes. Pourtant il est courant que seul un sous-ensemble contienne l'information pertinente pour la classification. Les procédures de sélection des variables en classification non supervisée par mélanges gaussiens supposent généralement que les variables non informatives pour la classification sont soit toutes indépendantes, soit liées à des variables informatives. Nous proposons une nouvelle modélisation du rôle des variables plus polyvalente : les variables sont soit informatives pour la classification, soit redondantes, soit totalement indépendantes. Nous proposons un critère de sélection des variables et un algorithme pour cette nouvelle modélisation. L'intérêt de cette nouvelle modélisation pour la prédiction de la fonction des gènes orphelins est illustrée sur un ensemble de données transcriptomes obtenues chez Arabidopsis thaliana.