La vocation d'un entrepôt de données est l'analyse de données pour l'aide à la décision dans les entreprises. La modélisation multidimensionnelle est la base des entrepôts de données et de l'analyse en ligne (OLAP). Ces techniques sont efficaces pour traiter les données simples numériques, mais elles ne sont pas adaptées aux données variées et hétérogènes provenant de différentes sources, appelés communément données complexes. Dans cet article, nous abordons le problème de la modélisation multidimensionnelle des données complexes à travers le cas des données médicales du projet MAP (Médecine d'Anticipation Personnalisée). Nous proposons un métamodèle multidimensionnel étendu pour les données médicales en généralisant le modèle cardiovasculaire du projet MAP. Enfin, nous avons spécifié et réalisé un outil d'aide à la conception d'entrepôt de données médicales.