Dans ce papier, nous proposons une approche basée sur la programmation par contraintes pour aborder efficacement le problème de l'alignement des ontologies, et plus particulièrement l'extraction des correspondances à partir des mesures de similarités. La complexité de ce problème est accentuée dans les applications à caractère dynamique où l'aspect performance est capital. Plus précisément, nous exploitons la contrainte globale de différence développée dans le domaine de la programmation par contraintes pour extraire un alignement total et injectif. Nous montrons que cette approche est efficace et se prête à une mise en oeuvre à la fois interactive et automatique.