Dans le domaine biomédical, la protéomique est confrontée à des sources de données de plus en plus nombreuses et à des volumes de données très importants du fait de la multiplication des technologies dites à haut débit. L'hétérogénéité de la provenance des données implique de fait une hétérogénéité dans la représentation et le contenu de ces données. Les données peuvent aussi se révéler incorrectes ce qui engendre des erreurs sur les conclusions des expériences protéomiques. Notre approche a pour objectif de garantir la qualité initiale des données lors de leur importation dans un système d'information dédié à la protéomique. Elle est basée sur le couplage entre des modèles représentant les sources et le système protéomique, et des ontologies utilisées comme médiatrices entre les modèles. Les différents contrôles que nous proposons de mettre en place garantissent la validité des domaines de valeurs, la sémantique et la cohérence des données lors de l'importation.