Face à une collection de manuscrits retranscrivant un même texte, fréquemment dispersés dans le temps et l'espace, le chercheur a recours à l'édition critique afin de prendre en compte tous les aspects du texte. En vue de faciliter leurs créations et d'offrir de nouvelles possibilités en matière d'analyse et d'interactivité, quelques éditions critiques informatisées ont déjà été proposées. Dans cet article, nous nous intéressons au cas de l'édition critique (électronique) de manuscrits écrits en sanskrit. Nous commençons par décrire les spécificités du sanskrit qui soulèvent un ensemble de problèmes touchant aussi bien à la typographie qu'à l'informatique et l'analyse de données. Puis, nous présentons brièvement les solutions informatiques actuelles permettant d'adapter les traitements à la typographie et la syntaxe particulière au sanskrit. Enfin, nous proposons une approche automatique pour identifier et évaluer les différences entre deux manuscrits en vue notamment de décrire les relations de filiation entre manuscrits connus d'un même texte. D'un point de vue algorithmique, notre approche est basée sur des techniques habituellement employées pour comparer des chaînes moléculaires.