Cet article est une introduction au domaine de la phylogénie moléculaire et en particulier à la robustesse des arbres phylogénétiques. Nous commençons par une brève présentation historique du domaine avant de passer en revue les méthodes de reconstruction les plus populaires. Nous nous intéressons tout particulièrement à la méthode du maximum de vraisemblance. Cette méthode nécessite de construire un modèle probabiliste d'évolution des macromolécules biologiques mais fournit en contrepartie un cadre statistique propice à quantifier la variabilité de l'arbre estimé. Nous présentons tout d'abord les modèles d'évolution couramment utilisé, puis le calcul de la vraisemblance avant de montrer que la nature discrète de l'arbre rend caducs les outils traditionnels d'étude de la variabilité.