L'intégration des données hétérogènes en Sciences de la Vie est un sujet de recherche majeur. L'importance et le volume considérable des informations sur les milieux de vie des microorganismes dans tous les domaines tels que la santé, l'agriculture ou l'environnement justifie le développement de traitements automatisés. Nous proposons ici l'ontologie OntoBiotope dont nous décrivons les principes de construction ainsi que des exemples d'utilisation pour l'annotation et l'indexation sémantique des habitats microbiens décrits en langue naturelle dans les documents scientifiques.